A biblioteca do Arquivo Público do Estado de Sergipe, denominada Biblioteca José Alves Filho, possui um acervo com cerca de 6.000 títulos, que versam principalmente sobre a cultura e a história de Sergipe e destina-se ao atendimento de pesquisa, tanto do APES quanto de pesquisadores e instituições externas. O acervo reúne publicações técnicas de arquivos e bibliotecas, livros, periódicos, dicionários, folhetos, teses, dissertações, anais, anuários, mensagens, relatórios, leis e decretos sobre a história de Sergipe desde o século XVII. Entre os exemplares, destacam-se as obras raras autografadas por escritores sergipanos, como Manoel dos Passos de Oliveira Telles, Felte Bezerra, Felisbello Freire e Armindo Guaraná.

Em parceria com a Secretaria da Educação e da Cultura, o acervo da Biblioteca José Alves Filho está sendo disponibilizado no Sistema Biblivre 5.0 e, em breve, estará à disposição da sociedade sergipana por acesso remoto. Ainda em processo de organização e catalogação, o acervo da BJAF não está disponível para empréstimo, sendo que as consultas são realizadas in loco, para que os materiais sejam melhor preservados e consequentemente possam ter uma durabilidade longeva.